Theo Hiến chương ASEAN, thông qua ngày 20/11/2007 và chính thức có hiệu lực từ ngày 15/12/2008, bộ máy hoạt động của ASEAN hiện nay gồm có các cơ quan sau:
- Hội nghị Cấp cao ASEAN (ASEAN Summit): gồm những người đứng đầu nhà nước hoặc Chính phủ của các quốc gia thành viên, là cơ quan hoạch định chính sách tối cao của ASEAN, xem xét, đưa ra các chỉ đạo và quyết định các vấn đề then chốt liên quan đến việc thực hiện các mục tiêu của ASEAN và lợi ích của các Quôc gia Thành viên ASEAN. Hội nghị Cấp cao ASEAN được nhóm họp hai lần một năm, do Quốc gia Thành viên giữ chức Chủ tịch ASEAN chủ trì tổ chức và có thể được triệu tập khi cần thiết như là các cuộc họp đặc biệt hoặc bất thường tại thời điểm được tất các các Quốc gia Thành viên nhất trí.
- Hội đồng Điều phối ASEAN (ASEAN Coordinating Council) gồm các Bộ trưởng Ngoại giao ASEAN, có chức năng chuẩn bị cho các cuộc họp Cấp cao ASEAN, điều phối việc thực hiện các thỏa thuận và quyết định của Hội nghị Cấp cao ASEAN; xem xét theo dõi tổng thể tất cả các hoạt động của ASEAN với sự trợ giúp của Tổng thư ký ASEAN. Hội đồng Điều phối ASEAN họp ít nhất hai lần một năm.
- Các Hội đồng Cộng đồng ASEAN (ASEAN Community Councils) gồm Hội đồng Cộng đồng Chính trị - An ninh ASEAN, và Hội đồng Cộng đồng Văn hóa – Xã hội ASEAN. Các Hội đồng Cộng đồng ASEAN có nhiệm vụ đảm bảo việc thực hiện các quyết định có liên quan của Hội nghị Cấp cao ASEAN, điều phối công việc trong các lĩnh vực phụ trách, và những vấn đề có liên quan đến các Hội đồng Cộng đồng khác.
- Các Hội nghị Bộ trưởng chuyên ngành (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies) là các Hội nghị Bộ trưởng ASEAN trên tất cả các lĩnh vực hợp tác, có nhiệm vụ thực hiện các thỏa thuận và quyết định của Hội nghị Cấp cao ASEAN trong phạm vi phụ trách, và kiến nghị lên các Hội đồng Cộng đồng liên quan các giải pháp nhằm triển khai và thực thi các quyết định của Hội nghị Cấp cao ASEAN.
- Tổng Thư ký ASEAN và Ban thư ký ASEAN (Secretary-General of ASEAN /ASEAN Secretariat) là cơ quan thường trực nhất của ASEAN, có nhiệm vụ triển khai thực thi các quyết định, thỏa thuận của ASEAN, hỗ trợ và theo dõi tiến độ thực hiện các thỏa thuận và quyết định của ASEAN, và đệ trình báo cáo hàng năm về các hoạt động của ASEAN lên Hội nghị Cấp cao ASEAN;
- Ủy ban Đại diện thường trực bên cạnh ASEAN (Committee Of Permanent Representatives to ASEAN) gồm Đại diện thường trực có hàm Đại sứ bên cạnh ASEAN đặt tại Gia-các-ta, và có nhiệm vụ đại diện cho các nước thành viên điều hành công việc hàng ngày của ASEAN.
Theo Hiến chương ASEAN, Ủy ban đại diện thường trực ASEAN có các chức năng sau: i) hỗ trợ các Hội đồng Điều phối và các Hội nghị Bộ trưởng chuyên ngành; ii) phối hợp hoạt động với các Ban thư ký ASEAN quốc gia và Hội nghị Bộ trưởng chuyên ngành; iii) phối hợp với Tổng thư ký ASEAN và Ban thư ký ASEAN về tất cả các vấn đề có liên quan; iv) hỗ trợ các hoạt động đối ngoại của ASEAN; v) nhận các nhiệm vụ khác mà Hội đồng Điều phối giao phó.
- Ban thư ký ASEAN quốc gia (ASEAN National Secretariats) là đầu mối điều phối và phối hợp hoạt động hợp tác ASEAN trong phạm vi mỗi quốc gia. Ban Thư ký ASEAN quốc gia của Việt Nam do Vụ ASEAN, Bộ Ngoại giao đảm nhiệm.
Chức năng nhiệm vụ của các Ban thư ký ASEAN quốc gia được nêu tại Điều 13 Hiến chương ASEAN bao gồm: (i) đầu mối quốc gia về các hoạt động hợp tác ASEAN; (ii) là trung tâm thông tin quốc gia về tất cả các vấn đề liên quan tới ASEAN; (iii) điều phối việc thực hiện các quyết định của ASEAN trong phạm vi quốc gia; (iv) điều phối và hỗ trợ công tác chuẩn bị trong nước để tham gia các Hội nghị ASEAN; (v) khuếch trương bản sắc và nhận thức về ASEAN ở cấp quốc gia; và (vi) đóng góp vào việc xây dựng Cộng đồng ASEAN.
- Ủy ban liên chính phủ ASEAN về Nhân quyền (AICHR) có nhiệm vụ thúc đẩy nhận thức về quyền con người trong các tầng lớp nhân dân ASEAN, và tăng cường hợp tác giữa chính phủ các nước thành viên ASEAN với mục tiêu bảo vệ các quyền con người.
Đây là một cơ quan liên chính phủ và có tính chất tham vấn, chỉ gồm các nước thành viên ASEAN, mỗi Chính phủ cử một đại diện hoạt động theo nhiệm kỳ 3 năm và có thể được tái bổ nhiệm thêm 1 nhiệm kỳ. Chủ tịch của Ủy ban trong mỗi năm là thành viên Ủy ban của nước Chủ tịch ASEAN trong năm đó. Các thành viên Ủy ban được hưởng các quyền ưu đãi miễn trừ theo quy định của Hiến chương ASEAN. Ủy ban họp ít nhất 2 lần mỗi năm và có thể họp bất thường nếu cần thiết. Phương thức ra quyết định của Ủy ban là tham khảo và đồng thuận, như đã được Hiến chương ASEAN quy định. Báo cáo của Ủy ban sẽ được đệ trình lên Các Bộ trưởng Ngoại giao ASEAN xem xét.
- Quỹ ASEAN (ASEAN Foundation) có nhiệm vụ hỗ trợ Tổng thư ký ASEAN và hợp tác với các cơ quan liên quan của ASEAN để phục vụ xây dựng Cộng đồng ASEAN, thông qua việc nâng cao nhận thức về bản sắc ASEAN, quan hệ tương tác giữa người dân với người dân, và sự hợp tác chặt chẽ trong giới doanh nghiệp, xã hội dân sự, các nhà nghiên cứu và các nhóm đối tượng khác trong ASEAN.
Nguồn tài trợ cho Quỹ ASEAN được khuyến khích lấy từ các khoản đóng góp của khu vực tư nhân như các doanh nghiệp, nhà từ thiện, các cá nhân hào phóng cả trong và ngoài ASEAN. Một số nhà tài trợ chính của quỹ ASEAN (ngoài 10 nước thành viên ASEAN) còn có Nhật Bản, Trung Quốc, Hàn Quốc, Canada, Pháp, Tập đoàn Microsoft, Tập đoàn HP.
Nguồn: Vụ ASEAN