1/ Chức năng quản lý nhà nước về công tác lãnh sự và hoạt động di cư của công dân Việt Nam ra nước ngoài; xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật thuộc lĩnh vực lãnh sự trong đó có các văn bản pháp luật thuộc thẩm quyền ban hành của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chủ tịch nước, Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng; chủ trì hoặc phối hợp tham gia góp ý và dự thảo các văn bản quy phạm pháp luật do các Bộ, ngành, địa phương và đơn vị thuộc Bộ Ngoại giao xây dựng; kiến nghị về các biện pháp và hình thức phổ biến, tuyên truyền hướng dẫn, tổ chức triển khai và kiểm tra việc thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật…
2/ Chức năng tham mưu về các mặt công tác lãnh sự: trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chiến lược quy hoạch, kế hoạch hàng năm và dài hạn, các chương trình mục tiêu quốc gia, các dự án liên quan đến lĩnh vực thuộc phạm vi lãnh sự; kiến nghị chủ trương, chính sách, chiến lược và chương trình kế hoạch, biện pháp trong tổ chức thực hiện công tác lãnh sự và hoạt động di cư của công dân Việt Nam ra nước ngoài.
Trong lĩnh vực hợp tác quốc tế, chủ trì xây dựng dự thảo, chuẩn bị nội dung, kiến nghị trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về việc đàm phán, ký kết, gia nhập các điều ước và thỏa thuận quốc tế về các vấn đề liên quan đến công tác lãnh sự và hoạt động di cư của công dân Việt Nam ra nước ngoài.
3/ Chức năng bảo hộ lãnh sự: chỉ đạo công tác bảo hộ lãnh sự đối với công dân, pháp nhân Việt Nam ở nước ngoài; hướng dẫn chỉ đạo các cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài phối hợp với các cơ quan có thẩm quyền trong việc bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp của công dân Việt Nam xuất cảnh và cư trú ở nước ngoài; giải quyết việc tàu thuyền, ngư dân của Việt Nam bị bắt, giam giữ, xét xử, tù hoặc bị nạn ở nước ngoài.
4/ Chức năng bảo vệ chủ quyền an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội; xử lý các vấn đề nảy sinh trong khu vực biên giới trên bộ và trên biển có nhân tố nước ngoài, giải quyết các vấn đề lãnh sự liên quan đến cá nhân, pháp nhân nước ngoài tại Việt Nam.
5/ Chức năng quản lý nghiệp vụ lãnh sự và hỗ trợ các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài, các Sở Ngoại vụ của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; chỉ đạo, hướng dẫn, giám sát, kiểm tra việc thực hiện công tác lãnh sự; theo dõi, đánh giá và phối hợp với các cơ quan có thẩm quyền xử lý sai phạm trong công tác lãnh sự và quản lý hoạt động di cư của công dân Việt Nam ra nước ngoài; phối hợp đề xuất và triển khai thực hiện việc thành lập hoặc chấm dứt hoạt động của cơ quan lãnh sự, Lãnh sự danh dự Việt Nam ở nước ngoài; giải quyết thủ tục bổ nhiệm người đứng đầu các cơ quan lãnh sự đó; đào tạo và bồi dưỡng nghiệp vụ lãnh sự cho cán bộ ngoại giao đi làm công tác lãnh sự và cán bộ làm công tác đối ngoại của các Bộ, ngành, địa phương.
6/ Chức năng quản lý hoạt động của Cơ quan đại diện nước ngoài tại Việt Nam, Văn phòng đại diện của Tổ chức di cư quốc tế, Cao ủy Liên Hợp quốc về người tị nạn; kiến nghị trình Chính phủ việc chấp thuận cho phép thành lập cơ quan lãnh sự nước ngoài tại Việt Nam, bao gồm cả Lãnh sự danh dự.
7/ Là cơ quan thực hiện hành chính công liên quan đến việc cấp hộ chiếu ngoại giao, hộ chiếu công vụ; cấp thị thực và cấp phép nhập cảnh Việt Nam cho người nước ngoài thuộc thẩm quyền của Bộ Ngoại giao; tiếp nhận hồ sơ và giải quyết công việc liên quan đến hợp pháp hóa và chứng nhận lãnh sự; thực hiện ủy thác và tương trợ tư pháp giữa Việt nam và nước ngoài; giải quyết các công việc liên quan đến quốc tịch, hộ tịch theo quy định của pháp luật.